Ancak bugün Örenarası, Temellik, Ova Mezarlığı ve Kale isimleriyle anılan mahallerde eski yerleşim yerlerinin olduğunu, bu yerlerden çıkan arkeolojik bulgular ispatlamaktadır. Bu yerleşim yerlerinin Roma ve Bizans dönemine ait olduğu sanılmaktadır.
Türk ve dünya tarihinin dönüm noktalarından biri olan 26 Ağustos 1071 Malazgirt Zaferi ile Anadolu'nun kapıları ardına kadar Türklere açılıyordu. Zira, Türklere karşı koyacak bir askeri güç daha yoktu. Bu nedenle Türkmenler hızla Anadolu içlerine yayılmaya başladılar. Malazgirt Zaferi'nin  üzerinden 4 yıl gibi kısa bir süre geçmesine rağmen 1075 yılında merkezi İznik olmak üzere Kutalmışoğlu Süleyman Şah tarafından Anadolu Selçuklu Devleti kuruluyordu.
1071 -1120 yılları arasında bir Türkmen aşireti ( Aşiretin ismi bilinmemektedir.) Çerçin köyünün bulunduğu mevkiye yerleşmiştir. Çerçin Köyü, Anadolu Selçuklu Devleti'nin hakimiyeti altına Sultan II. Kılıç Arslan zamanında 1177 yılında  girmiştir. Ancak Anadolu Selçukluları bu yörede tam bir hakimiyet sağlayamamışlardır. Bu yörede tam hakimiyeti Sultan I. Gıyaseddin Keyhüsrev zamanında sağlamışlardır.
1297 yılında Anadolu Selçuklu Devleti'nin bu bölgedeki uç beyi olan Hamid Bey'in istiklalini ilan etmesiyle birlikte Çerçin Köyü de Hamidoğulları Beyliği'nin idaresi altına girmiştir. Çerçin Köyü 1391 yılında Yıldırım Beyazıd Han zamanında Osmanlı idaresi altına girmiştir. Bu dönemde merkezi Kütahya'da bulunan Anadolu Beylerbeyliği'nin Hamideli (Isparta) Sancağı'nın Burdur Kazası'na bağlı bir köydür.  1510 yılında meydana gelen depremden  Çerçin Köyü de zarar görmüştür.
1306 tarihinde basılan Kamus'ul A'lam'da Çerçin Köyü'nün batısında demir, krom ve mangenez madenlerinin bulunduğu yazılmaktadır. 1330 (1914) tarihli Salname-i Konya Vilayeti adlı eserde Çerçin Köyü'nün doğusunda bulunan maden suyundan bahsedilmektedir. Bu suyun en faydalı olduğu dönem olan Ağustos ayında Burdur ve civar yerlerden insanların buraya gelerek bir hafta kadar burada ikamet ettikleri ve suyun hastalıklara karşı sağlamış olduğu faydadan istifade ettikleri ve şifa buldukları yazılıdır. (Bugün sözü edilen yerde maden suyu fabrikası bulunmaktadır.)
1914 yılında Burdur ve Isparta'da meydana gelen deprem Çerçin Köyü'nde fazla tahripkar olmamıştır.
Çerçin Köyü, her şehir, kasaba ve köy gibi Milli Mücadele (İstiklal Harbi)'ye destek vermiştir. Milli Mücadele döneminde Çerçin Köyü'nde başkanlığını Yusuf Efendi'nin yaptığı Heyet-i Milliye teşkilatı kurulmuş, bu teşkilat Burdur Müdafaa-i Hukuk Cemiyeti ile müşterek hareket etmiştir. Ayrıca Antalya ve çevresinden cepheye gitmek için Burdur'a gelen askerleri ve yardım malzemelerini Baladız tren istasyonuna Çerçinliler kağnılarla taşımışlardır.Köyün gelenek, görenek ve yemekleri hakkında bilgi yoktur. bu köy yanındaki askeriye köünün özelliklerini taşır .
Burdur merkezine 12 km uzaklıktadır.
Köyün iklimi, Akdeniz iklimi etki alanı içerisindedir.
Köyün ekonomisi tarım ve hayvancılığa dayalıdır. kara kavun.ve üzümü meşhurdur.
Köyde ilköğretim okulu vardır. Köyün içme suyu şebekesi kanalizasyon şebekesi vardır. PTT şubesi yoktur ancak PTT acentesi vardır. Sağlık ocağı ve sağlık evi vardır. Köye ulaşımı sağlayan yol asfalt olup köyde elektrik vardır sabit telefon vardır. 2008 rüzgâr enerjisine geçilmiş