Hümaşah ile İskender arasındaki kuvvetli bağ şüpheleri üzerlerine çekiyor. İskender’in kayıp şehzade olduğunu Ahmed’e çok yakın bir isim öğreniyor! İskender’in sırrı tehlikeye mi giriyor? Sultan Ahmed her şeyden habersiz iktidarını taçlandırmanın hayallerini kurarken, büyük bir tehlike onu bekliyor! 

Yıllar geçmiş, haremde Kösem’in iktidarında yeni bir düzen kurulmuştur. Bir yandan imparatorluğun görkemi ve ihtişamı Sultanahmet Camii ile taçlanırken, diğer yandan şehzadelerin büyümesi ile hanedan yeni iktidar savaşlarına gebedir.
Safiye Sultan ise Kösem’in iktidarını bitirmek için çevresini dört bir yandan kuşatmaya çalışır.. Sultan Ahmed için hususi olarak yetiştirilmiş güzel ve alımlı bir cariye saraya girer. Ancak bu kız sıradan bir cariye değildir. Geçmişinde sarayla olan bağı haremde tüm dengeleri alt üst edecektir. 

Safiye Sultan, oğlu İskender’i tahta çıkarmak için tehlikeli bir hamle yaparken, İskender’in kayıp şehzade olduğunu öyle biri öğrenir ki sır tehlikeye girmek üzeredir. 

Şehzade Mustafa ise yıllar sonra ilk kez kafesten çıkar. Hareme alışmakta güçlük çeken Mustafa, ilk gecesi felaketle sonuçlanır. Mustafa’nın akıl sağlığının yerinde olmadığını gören Halime ve Dilruba, Mustafa’yı korumak için büyük bir suç işlerler.. 

Sultan Ahmed, Kösem’le ve çocuklarıyla birlikte mutlu, huzurlu bir aile kurmuş, iktidarını sağlam temellere oturtmuştur. Ancak bu mutlu tablo bozulmak üzeredir.. Muhteşem Yüzyıl Kösem, nefesleri kesecek yeni bölümüyle Star’da..